أرسل ريوما ناجاري إلى السجن بعد اتهامه بقتل الدكتور سواتومي. فجأة يعود الدكتور سواتومي من بين الأموات و يهدد البشرية بإطلاق شين دراجون آخر إبداعاته, حيث تفشل جهودهم في وقف الرؤوس الحربية النووية التي أطلقها مما أدى إلى تلوث ضخم من أشعة جيتا أبادت 99% من سكان الكوكب، و بعد ثلاثة عشر عاما على هذه الكارثة الضخمة كان الناس لا يزالون يتصارعون من أجل البقاء ضد الغزاة.