تدور أحداث هذه الأوفا بعد ثلاث سنوات من إنقاذ ياماتو للأرض بعد أحداث سلسلة Uchuu Senkan Yamato 2199. وبدء عملية البناء حيث ستعرض الحلقتان الأولى والثانية نبذة عما حدث لطاقم ياماتو مع السؤال الكبير هل استمر السلام على الأرض؟ وماذا حدث خلال الثلاث سنوات؟ وما هي التحديات الجديدة التي سيواجها الطاقم؟