في يوم جديد في منطقة كانتو ، يتلقى ساتوشي دعوة من البروفيسور يوكيناري أوكيدو لحضور حفل افتتاح مختبر البروفيسور ساكوراجي في مدينة فيرميليون. خلال الخطاب الاحتفالي ، تلقى البروفيسور ساكوراجي تنبيهًا لظهور بوكيمون نادر في ميناء مدينة فيرميليون ، مما دفع ساتوشي والمدربين الآخرين إلى الاندفاع إلى المنطقة على أمل العثور على بوكيمون الغامض. في المرفأ ، وجدوا Lugia - بوكيمون أسطوري - يشارك في قتال مع مدربين آخرين.