تدور أحداث القصة عندما تنقلب حياة إيتوكي ساكورابا رأسًا على عقب عندما يكتشف أنه وريث عشيرة إيغا للنينجا وأنه هدف لعشيرة كوغا المنافسة. لم يعد أمام إيتوكي الآن سوى سلك درب الشينوبي لحماية نفسه وبلدته. فهل يمكن لإيتوكي رفقة زملائه في أكاديمية كوكوتين للنينجا وضع حد لهذا التنافس؟